ふるさと納税の確定申告のやり方｜書き忘れたら更正の請求（e-Taxと期限）

ワンストップ特例の申請書を出し忘れた。寄附先が6団体を超えた。医療費控除の申告をすることになった。どの場合も、ふるさと納税の控除は確定申告で受けることになります。

この記事は、確定申告でふるさと納税を申告する手順と、申告を忘れた・書き忘れたときの直し方を書きます。すでに確定申告をした人は、後半の「確定申告を忘れた・書き忘れたときの直し方」から読んでください。ほかの話は、次の記事にまとめています。

• ワンストップ特例そのものの手順 … ワンストップ特例の申請手順と期限
• 無効になる条件の詳しい話 … ワンストップ特例が使えない人・無効になるケース
• 寄附していい上限 … ふるさと納税の限度額はどう決まるか

確定申告でやることになる3つの場合

国税庁は、ワンストップ特例を使えるのは「確定申告が不要な給与所得者」で「ふるさと納税先が5団体以内の場合に限り」としています。ここから外れると、確定申告で控除を受けます。

場合	よくある例	確定申告が要る理由
申請書が届かなかった	出し忘れた、1月10日の必着に間に合わなかった、引っ越しの変更届出をしなかった	ワンストップ特例が使えないため
寄附先が6団体以上	年末にいくつも寄附した	5団体を超えると、ワンストップ特例は全部なかったことになるため
ほかの理由で確定申告をする	医療費控除、住宅ローン控除の1年目、年の途中で退職、副業の所得	確定申告をした時点で、ワンストップ特例が無効になるため

3つ目の場合は、ふるさと納税と関係のない理由で申告しても同じです。確定申告が必要かどうか自体の判断は、会社員でも確定申告が必要な人・しなくていい人で整理しています。

確定申告をすると、ワンストップ特例は全部なくなる

ここがいちばんの落とし穴です。国税庁のタックスアンサーには、こう書かれています。

確定申告を行う方は、ふるさと納税ワンストップ特例の申請が無効となるため、ワンストップ特例の申請をした分も含めて寄附金控除額を計算する必要があります。

国税庁「No.1155 ふるさと納税(寄附金控除)」より。出し忘れた分だけを申告するのではありません。 申請書をきちんと出した寄附も、確定申告書に書かなければ控除されなくなります。

用意する証明書は2種類。どちらか一方でいい

寄附金控除を受けるには、寄附の事実を示す書類を申告書に添付するか、提出のときに見せる必要があります（国税庁 No.1150）。ふるさと納税では、次の2種類のどちらかを使えます。

証明書	誰が出すか	中身	形
寄附金受領証明書	寄附先の自治体	寄附1件ごと	紙の郵送。マイナポータル連携に対応した自治体は電子データも
寄附金控除に関する証明書	国税庁長官が指定した特定事業者（ふるさと納税サイトの運営会社）	その年に仲介した寄附の合計額（年間寄附額）と、寄附ごとの日付・寄附先	郵送、サイトからのダウンロード、マイナポータル連携

2つ目の証明書は、令和3年分の確定申告から使えるようになったものです。国税庁の説明です。

令和３年分以後の確定申告においては、特定寄附金の受領者が地方団体である場合（特定寄附がふるさと納税である場合）は、寄附ごとの「寄附金の受領書」に代えて、特定事業者が発行する年間寄附額を記載した「寄附金控除に関する証明書」を添付することができます。

国税庁「ふるさと納税に係る寄附金控除に関する証明書等について」より。自治体ごとの受領証明書を1枚ずつ集めなくても、サイトごとに1通で済むということです。特定事業者は国税庁のページに一覧があります。令和8年6月16日現在で、複数の運営会社が指定されています。

電子データでもらう場合は、形式に決まりがあります。

※　電子データで発行する場合、国税庁の指定するファイル形式（XML形式）での発行が必要です（PDF形式は不可）。

同じページより。XML形式のデータは、e-Taxで申告書に添付して送れます。国税庁は、確定申告書等作成コーナーが「証明書データを自動反映させて控除額の計算を行うことができます」としています。紙で出したいときは、XMLのデータをe-Taxのホームページにある「QRコード付証明書等作成システム」で書面に出力して添付できます。

e-Taxなら、証明書の提出は省略できる

e-Taxで申告する場合は、証明書の記載内容を入力して送信します。そうすれば、税務署への提出や提示を省略できます（e-Tax「第三者作成書類の添付省略の制度」）。

ただし、証明書を捨ててよいわけではありません。 原則として法定申告期限から5年間は、税務署から提示や提出を求められることがあり、応じなければ添付がなかったものとして扱われます。令和8年分なら、令和9年3月15日から5年間は手元に残しておきます。

申告書のどこに書くか

確定申告書等作成コーナーを使えば、金額を入れる画面の案内に沿って申告書ができあがります。手書きの場合に注意したいのは、書く欄が2か所あることです。国税庁は、確定申告書第二表の書き方をこう説明しています（令和8年4月1日現在のタックスアンサー）。

ふるさと納税として寄附された金額について、確定申告で寄附金控除の適用を受ける場合には、確定申告書第二表の「寄附金控除に関する事項」の「寄附先の名称等」欄および「寄附金」欄にふるさと納税先団体名およびふるさと納税として寄附された金額を記載するとともに、「住民税に関する事項」の「都道府県、市区町村への寄附（特例控除対象）」欄にふるさと納税として寄附された金額も必ず記載してください。

国税庁「No.1155」より。1か所目は所得税のための欄、2か所目は住民税のための欄です。

2か所目を書き忘れると、住民税の控除が抜けることがあります。 所得税の確定申告書は、住民税の申告書も兼ねているからです。国税庁は、この欄などが書かれていない場合には「個人住民税の賦課決定の際に控除されないこともあります」と注意しています。ふるさと納税の控除の大部分は住民税の側で受けるので、ここが抜けると影響が大きくなります。

e-Taxやスマホで出すときの流れ

確定申告書等作成コーナーを使うと、パソコンやスマホで申告書を作り、e-Taxで送信できます。令和8年分の作成コーナーは、この記事を書いた2026年9月の時点ではまだ公開されていません。 画面の細かな手順は、公開されてから国税庁の案内で確かめてください。

令和7年分では、次のような流れでした。

国税庁の令和7年分確定申告特集は、マイナポータル連携について「該当項目に自動入力することができます」と案内しています。すべての自治体・事業者が対応しているわけではないので、対応していない寄附先の分は手で入力します。

戻ってくるお金は、所得税と住民税に分かれる

確定申告をすると、控除は2つの税に分かれて出てきます。総務省の説明です。

確定申告を行うと、前述の「控除額の計算」に沿って所得税と住民税の控除額がそれぞれ決まり、所得税分はその年の所得税から控除（還付）され、住民税分は翌年度の住民税から控除（住民税の減額）されます。

総務省「ふるさと納税のしくみ｜税金の控除について」より。住民税の分は、現金で戻るのではなく、翌年度の住民税が減る形です。令和8年中の寄附なら、令和9年度の住民税（令和9年6月以降に納める分）が減ります。

控除額の中身は3つです（国税庁 No.1155、総務省）。

控除	計算	どこから引かれるか
① 所得税	（寄附額－2,000円）を所得から差し引く。税額が減るのは、それに所得税率をかけた額	その年の所得税（確定申告で還付）
② 住民税・基本分	（寄附額－2,000円）× 10%	翌年度の住民税
③ 住民税・特例分	（寄附額－2,000円）×（100% － 10% － 所得税率）	翌年度の住民税（住民税所得割額の20%が限度）

所得税率には、令和8年分なら復興特別所得税（所得税額の2.1%）を加えた率を使います。

数値例で確かめる

前提を置きます。令和8年中に5万円を寄附した会社員で、所得税率が10%、限度額の範囲内の場合です。

寄附額 50,000円 － 2,000円 ＝ 48,000円
所得税率（復興特別所得税を含む）＝ 10% × 1.021 ＝ 10.21%

① 所得税の減少　　　＝ 48,000円 × 10.21%              ＝ 約4,900円
② 住民税・基本分　　＝ 48,000円 × 10%                 ＝ 4,800円
③ 住民税・特例分　　＝ 48,000円 ×（100%－10%－10.21%）＝ 約38,300円

合計 約4,900円 ＋ 4,800円 ＋ 約38,300円 ＝ 48,000円

5万円のうち48,000円が控除され、そのうち確定申告の還付として戻るのは約4,900円だけです。残りの約43,100円は、翌年度の住民税が減る形で受け取ります。

所得税の還付は、源泉徴収された所得税がある場合にだけ起きます。国税庁は、源泉徴収票の源泉徴収税額が「0」の人は「申告しても還付される所得税額はありません」としています（No.2030）。

期限は3月15日。ただし還付申告なら5年間

令和8年分の確定申告の期間は、原則として令和9年（2027年）2月16日から3月15日までです（国税庁 No.2020）。

ただし、会社員で本来は確定申告の義務がない人が、税金を戻してもらうために出す申告（還付申告）は、この期間に縛られません。

還付申告書は、確定申告期間とは関係なく、その年の翌年1月1日から5年間提出することができます。

国税庁「No.2030 還付申告」より。令和8年分なら、令和9年1月1日から出せます。 2月16日を待つ必要はありません。

あなたの状況	出せる時期	期限を過ぎたら
確定申告の義務がない会社員（ふるさと納税・医療費控除で税金を戻したい）	翌年1月1日から5年間（還付申告）	5年を過ぎると出せない
確定申告の義務がある人（副業の所得が20万円を超える、給与が2,000万円を超えるなど）	翌年2月16日から3月15日まで	期限後申告になり、納める税金があれば無申告加算税や延滞税がかかることがある（国税庁 No.2024）

確定申告を忘れた・書き忘れたときの直し方

その年分の申告書をまだ出していないか、もう出したかで、手続きが変わります。

気づいたとき	手続き	期限
ワンストップ特例が間に合わず、まだ何も申告していない	確定申告書を出す（義務がない会社員なら還付申告）	還付申告なら翌年1月1日から5年間
医療費控除などで申告したが、ふるさと納税を書き忘れた	更正の請求	下の表のとおり

まだ何も申告していない

確定申告の義務がない会社員なら、還付申告として確定申告書を出します。 その年の寄附を全部書くのは、ここでも同じです。3月15日を過ぎていても、翌年1月1日から5年間は出せます。過去の年分の出し方は還付申告は5年さかのぼれるにまとめています。

申告したが、ふるさと納税を書き忘れた（更正の請求）

国税庁は、この場合の救済を明記しています。

また、ワンストップ特例の申請をした方が、誤って寄附金控除の適用を受けずに確定申告をした場合は、更正の請求により寄附金控除の適用を受けることができます(注2)。

国税庁「No.1155」より。更正の請求は、納めすぎた税金を戻してもらうために、更正の請求書を所轄の税務署長に出す手続きです（国税庁 No.2026）。もう一度、確定申告書を出し直すのではありません。

期限は、最初に出した申告がどちらだったかで数え始めが違います。国税庁「所得税及び復興特別所得税の更正の請求手続」の提出時期の欄です。

国税に関する法律の規定に従っていなかった場合又はその計算に誤りがあった場合は、法定申告期限から5年以内に提出してください。

※ 確定申告の必要のない方が還付を受けるための申告をしている場合はその提出した日から5年以内です。

最初に出した申告	更正の請求の期限
確定申告の義務がない会社員が、医療費控除などで出した還付申告	その還付申告書を出した日から5年以内（国税庁 No.2030 も同じ）
確定申告の義務があって出した確定申告	法定申告期限から5年以内（国税庁 No.2026）

たとえば、令和7年分の医療費控除の還付申告を2026年3月に出した会社員がいるとします。ふるさと納税を足す更正の請求は、その提出した日の5年後（2031年3月）まで出せます。同じページは、提出期限が土日・祝日などに当たるときは翌日が期限になるとしています。

e-Taxでのやり方（令和7年分の画面）

国税庁は、更正の請求書を確定申告書等作成コーナーの「更正の請求書・修正申告書作成コーナー」で作り、e-Taxで出すよう案内しています。e-Taxで出す場合は、本人確認書類の提示や添付は要りません（同じページ）。

東京国税局は、令和7年分の申告書を直す作成例を出しています。事例は、ワンストップ特例を申請したあと医療費控除の確定申告をして、ふるさと納税を含めなかったというものです。令和7年分の画面では、流れは次のとおりでした。

作成例の理由の欄は「ふるさと納税について記載漏れがあり、寄附金控除額が過少となっていた」という趣旨です。添付書類名の欄には「寄附金受領証明書」と書いています。

令和8年分の申告書を直す画面は、令和8年分の作成コーナーが公開されてから国税庁の案内で確かめてください。

寄附金受領証明書の添付が要る

確定申告をe-Taxで出すときは証明書の提出を省略できますが、更正の請求では扱いが違います。 東京国税局の作成例は、送信前の画面の注意としてこう書いています。

ふるさと納税に係る更正の請求書の提出に当たっては、ふるさと納税の寄附金受領証明書等の添付が必要です。

作成例では、送信したあとに表示される「申告書等送信票（兼送付書）」に提出する書類名を書き、証明書とあわせて税務署に出すと処理がスムーズになるとしています。郵送するときは、送付書の部分を切り取って使えます。書面で出す場合は、証明書を添付書類台紙に貼って出します。

数年たってから別の理由で還付申告をするとき

医療費控除の還付申告も、翌年1月1日から5年間出せます。すでにワンストップ特例で住民税が減った年について、あとから確定申告書を出すと、その年のワンストップ特例は無効になります。その申告書にも、ふるさと納税の寄附を全部書いてください。書かないと、住民税から引かれていた分がなくなることになります。

どうせ確定申告をする人は、同じ申告書に書く

ほかの理由で確定申告をする年は、ふるさと納税も同じ申告書に書きます。 申告書は1枚で、控除ごとに別々に出す必要はありません。

家の引き渡しが秋から年末になる年は、ふるさと納税の寄附の時期と重なります。「ワンストップ特例も出してある」というお客様には、確定申告書にふるさと納税も書くと伝えるところまでが一続きです。

まとめ

• ワンストップ特例の出し忘れ、寄附先6団体以上、ほかの理由での確定申告。この3つは確定申告でふるさと納税を申告する
• 確定申告をすると、ワンストップ特例の申請はすべて無効。申請済みの分も含め、その年の寄附を全部書く
• 証明書は、自治体の寄附金受領証明書か、特定事業者の年間の寄附金控除に関する証明書。電子データはXML形式。同じ寄附を二重に入れない
• e-Taxなら証明書の提出は省略できるが、法定申告期限から5年間は手元に残す
• 手書きなら、第二表の「寄附金控除に関する事項」と「住民税に関する事項」の両方に書く
• 控除は、所得税の還付と翌年度の住民税の減額に分かれる。合計の決まり方はワンストップ特例と同じ
• 令和8年分の期間は令和9年2月16日から3月15日まで。義務のない人の還付申告は令和9年1月1日から5年間
• 確定申告の後に書き忘れたら更正の請求。作成コーナーの「提出した申告書に誤りがあった場合」から作ってe-Taxで送れる。期限は法定申告期限から5年（還付申告をした会社員はその提出日から5年）。寄附金受領証明書の添付が要る。所得税額が変わらないなら市区町村に相談する
• 令和8年分の作成コーナーの画面は、2027年の公開後に国税庁の案内で確かめる

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よくある質問

ワンストップ特例の申請書を3団体に出し、残り1団体は出し忘れました。出し忘れた1団体の分だけ確定申告すればいいですか？

いいえ。確定申告をすると、その年のワンストップ特例の申請はすべて無効になります。国税庁は、ワンストップ特例の申請をした分も含めて寄附金控除額を計算する必要があるとしています。4団体すべての寄附を確定申告書に書いてください。

寄附金受領証明書を自治体ごとに集めないといけませんか？

ふるさと納税サイトを通じた寄附なら、国税庁長官が指定した特定事業者が発行する「寄附金控除に関する証明書」を代わりに使えます。その年の寄附額をまとめて記載したもので、XML形式の電子データならe-Taxの申告書に取り込めます。ただし、その事業者を通していない寄附は含まれません。

確定申告をしたら、ふるさと納税のお金はいつ戻りますか？

2つに分かれます。所得税の分は、確定申告の還付として戻ります（源泉徴収された所得税がある場合に限ります）。住民税の分は現金では戻らず、寄附した翌年度の住民税（翌年6月以降に納める分）が減ります。

ワンストップ特例の申請書が1月10日に間に合いませんでした。3月15日を過ぎたら、もう控除は受けられませんか？

確定申告の義務がない給与所得者なら、還付申告として寄附した年の翌年1月1日から5年間、申告書を出せます。ただし5年は所得税の決まりです。住民税の側がいつ、どう直されるかは、お住まいの市区町村に確認してください。

医療費控除の確定申告をしたとき、ふるさと納税を書き忘れました。どうすればいいですか？

国税庁は、ワンストップ特例の申請をした人が誤って寄附金控除を受けずに確定申告をした場合は、更正の請求で寄附金控除を受けられるとしています。確定申告書等作成コーナーの「提出した申告書に誤りがあった場合」から作り、e-Taxで送れます。期限は原則として法定申告期限から5年以内、確定申告の必要がない人が還付申告をしていた場合はその提出日から5年以内です。寄附金受領証明書の添付が要ります。寄附金控除を加えても所得税額が変わらない場合は更正の請求ができないので、お住まいの市区町村に相談します。